Чистый метиленовый синий широко используется в промышленности, в основном, в качестве красителя. Им окрашивают хлопок и шерсть в разные оттенки синего цвета. Также используется в медицине благодаря его обеззараживающим свойствам. При отправлении некоторыми газами, такими как сероводород и угарный, метиленовый синий принимают внутрь для нейтрализации действия этих ядов.