Индигокармин является кислотно-основным индикатором. Используется в сильно-щелочной среде: при изменении pH с 11,6 до 14 индигокармин меняет свой цвет с синего на желтый. Также используется для определения кислорода и озоно. Индигокармин широко применяется в медицинских анализах.