Флуоресцеин натрия широко используется во многих отраслях. Его важнейшее качество - возможность флуоресцировать, благодаря чему он используется как краситель. Чистый флуоресцеин натрия используется в аналитической химии в качестве показателя кислотности среды. Также используется в биохимии для окраски антител.